ホイッタカーの五界説によると、生物界はモネラ界、原生生物界、菌界(真菌界)、植物界、動物界に分けられる。
真菌界は一般的によく見かけるいわゆるキノコやカビ、酵母などが含まれる。
真菌は以下の6つに分類される：
子嚢菌門
担子菌門
接合菌門
ツボカビ門
グロムス菌門
微胞子虫門
真菌は形態的には有性器官の形質で分類されている。
そのため有性器官の不明な菌群を分類学上、不完全なものと位置付け、不完全菌類としているが、
不完全菌類は系統的に門を形成するものとは認められていない。
Tuberaceae(セイヨウショウロ科)の下には、6つの属がある。広い意味でのトリュフには子嚢菌門に属するセイヨウショウロ属と、担子菌門に属するhymenogastraleなどがあるが、食用として価値の高いものはほとんどが子嚢菌門のセイヨウショウロ属(Tuber spp.)に属していて、ごく一部がChoiromycesにも属している。
界:菌界 Fungus
_門:子嚢菌門 Ascomycota
__綱:チャワンタケ綱 Pezizomycetes
___目:チャワンタケ目 Pezizales
____科:セイヨウショウロ科 Tuberaceae
_____属:Tuber
_____属:Choiromyces
_____属:Reddlellomyces
_____属:Labyrinthomyces
_____属:Dingleya
_____属:Nothojafnea
セイヨウショウロ属をリボソーム DNA ITS と LSU 領域の塩基配列に基づくいて分類された代表的な種がこちら。
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